Загрузка дубликатов артикулов с разными брендами

Вариант поиска Артикул + производитель.
Для УТ11 также есть вариант Артикул+марка (еще один справочник, отдельно от производителей).
Также есть и вариант Артикул+Родитель, который ищет артикул в группах (установленным по импорту или вариантам, которые я опишу ниже)

Это готовый поиск который синхронизирует номенклатуру не просто по артикулу а совпадению двух полей номенклатуры. Производитель это реквизит с типом справочник Производители. Во всех версиях мегапрайса есть загрузка производителей, назначение номенклатуре и так далее.

Если производителя нет в прайсе (колонки) производителя можно указать на весь прайс.
Есть вариант указать его на конкретный лист (если например многолистовой прайс в котором каждый лист - отдельный производитель).
Также можно с помощью алгоритмов вычислить производителя (например по символам в артикулах или наименованиях, с помощью алгоритма можно просто определить его при считывании вплоть до каждой строки).

Если вы любым из перечисленных методов назначите производителя и установить только поиск Артикул+производитель то поиск исключительно будет искать 100 процентное вхождение этих двух полей (что по сути и является отбором, как вы его назвали).
Если нужны отборы прайса (когда даже не читаем и не заполняем строки которые не нужны) - то это отдельная тема, отборы можно также наложить через алгоритмы.

Алгоритм поиска - это немного другое (отличается от алгоритмов колонок и полей, указываемых в настройках колонок)!
Алгоритмы поиска это когда можно написать свой любой поиск, которого нет в списке вариантов.
Для примера я могу скинуть код любого готового поиска, так как там есть ньюансы и нужно использовать шаблон.

Для работы поиска Артикул+Производитель нужно
1) В настройках колонок были указаны Артикул и Производитель (если колонки нет, то алгоритм, либо общая настройка).
2) Если номенклатура уже есть в базе, у нее были заполнены производители.
3) Для конфигурации УНФ и УТ10 - справочник мегапрайсПроизводители является добавочным (реквизита в карточке вы не увидите, но он физически там есть, так как я не менял типовую форму). Я могу его вывести вам отдельно его в форму.
Производитель выводится в списках номенклатуры обработок Управление номенклатурой, Помощник продаж (и другие).
Для УТ11 - это встроенный справочник (видно везде).