В помощнике продаж не отображаются цены поставщиков

Все очень просто.

При использовании опции Использовать мегапрайс - данные берутся из добавочного регистра в котором хранятся цены поставщиков а также данные о наличии товаров.

У вас в документе Мегапрайс: Регистрация цен контрагента при импорте из экселя не было указано количество.
Если в прайсе поставщика отсутствуют данные об остатках на его складах - в настройке импорта есть поле для указания произвольного количества. Поставьте там - 1.

Очень важно чтобы прайс был загружен с любым произвольным количеством для обозначения что товар присутствует (наличие его в прайсе тоже считается остатком - раз его присылают - значит его можно купить)

Вы как то противоречите сами себе. Если он прислал без цен то естественно откуда цены возьмутся если их нет.

Если вы имеете ввиду что у вас есть неких два прайса поставщика: один с ценами без остатков, а другой с остатками но без цен - то тут увы как бы вам нужно выбирать какая информация вам важнее.
Последний зарегистрированный импорт считается фактической информацией.

Либо тогда заведите два разных профиля на поставщика. В одном грузите цены (и произвольный остаток например 1), второй грузите остатки. Тогда обе информации будут отображаться в рабочих местах.